Isolasi Bakteri

Nur Hidayat

Metode sampling

Prosedur sampling umumnya sama dengan aktinomisetes yaitu sampel harus berasal dari populasi yang mewakili suatu ekosistem tertentu terutama jika akan diisolasi spesies yang spesifik. Sampel dikoleksi secara aseptic dan jika mungkin dengan bantuan spatula steril, scalpel,wadah plastic atau botol yang memadahi. Sampel diambil dari lokasi yang mewakili populasi, misal tipe tanah dan horisonnya,daerah perakaran, unit pengolah limbah, permukaan atau bagian makhluk hidup, lumpur dan sebagainya. Sampel yang diperoleh diberi label dengan diskripsi dan tanggal.  Musim dan aspek-aspek temporal lokasi sampling harus diketahui terutama jika mempengaruhi distribusi populasi. Sampel harus segera dibawa ke laboratorium untuk pengujian atau disimpan semalam pada suhu 40, untuk sampel air disimpan pada suhu 50C dan tidak lebih dari  dari 24 jam agar populasi bakteri tidak banyak berubah.

Media

Banyak media yang digunakan untuk isolasi bakteri dari sampel yang berbeda eksosistemnya. Beberapa agar yang mengandung ekstrak pada konsentrasi 10 – 50% dari total volume sering digunakan. Infusi dan ekstrak bisanya dibuat dari bahan-bahan seperti tanah, lumpur, daun, akar, kompos, limbah dan sebagainya. Media agar lainnya sering mengandung berbagai sumber karbon dan nitrogen atau sumber karbon kompleks seperti khitin, selulosa maupun pektin.

Agar selektif untuk organisme gram-negatif seperti nutrient agar dengan Kristal violet,red violet bile agar, brilliant green bile agar dan beberapa produk media agar dari pabrikan dapat digunakan dengan ditambah 5 – 15 % ekstrak bahan alami. Semua media isolasi harus mengandung agensia anti jamur seperti cyclohexamide dan nystatin 50 – 100 mg/ml untuk menahan pertumbuhan jamur. Agar plate juga dikeringanginkan selama 1 – 2 hari sebelum digunakan. Parameter biofisik seperti pH medium dan salinitas juga harus diatur.

Isolasi langsung bakteri dari tanah

Sampel tanah 5 g (berat basah) dicampur dengan 99 ml infuse atau ekstrak tanah dalam Erlenmeyer 250 ml dan digojog pada 100 – 150 rpm selama 25 menit pada suhu 260C. Suspensi yang diperoleh kemudian dilakukan seri pengenceran. Lakukan pertumbuhan pada media agar pada suhu 22 – 260C (atau sesuai kondisi awal/yang diharapkan) selama 4 – 14 hari. Amati pembentukan koloni baru setiap 2 hari.

Jika sampel tanah diambil dekat perakaran (rhizosphere) maka penggunaan ekstrak akar tanaman perlu juga dipertimbangkan. Medium yang diperkaya dengan karbohidrat, selulosa dan berbagai sumber karbon dapat juga digunakan untuk isolasi banyak bakteri gram-negatif bentuk batang ataupun pleomorfisme.

Isolasi dengan tanah diperkaya

Sekitar 683 genus bakteri membutuhkan teknik pengayaan atau seleksikhusus dalam isolasinya. Kebanyakan bahan pengaya tersebut adalah induksi enzim. Jadi dapat ditambahkan precursor, substrat kompleks ataupun faktor tumbuh. Pengayaan juga dapat mendukung antagonism.

Sampel tanah 1 g (berat basah) ditempatkan dalam beaker glass steril 50 ml dan dicampur dengan 2 – 10 ml substrat steril yang disuspensikan dalam ekstrak tanah atau aquadest. Substrat dapat berasal dari ekosistemnya atau dengan substrat yang akan diuji sebagai substratnya misal ditambah khitin, selulosa, pectin, sam amino, logam, deterjen, precursor, antibiotic, penghambat, alcohol dan sebagainya. pH dapat diatur sesuai dengan pH tanah asal atau yang diharapkan.

 

Tags: , , ,

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *

CAPTCHA Image

*

You may use these HTML tags and attributes: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <strike> <strong>