Suatu strain mampu memberikan hasil yang tinggi dari produk yang diinginkan saat dikembangkan dalam laboratorium belum tentu memberikan hasil yang sama ketika diaplikasikan dalam skala industri. Dalam bidang industri yang diperlukan adalah medium yang cocok secara ekonomi. Medium yang digunakan dapat padat ataupun cair.

Pada fermentasi antibiotika, bahan baku yang digunakan tidak boleh mahal karena produk yang dihasilkan tidak mahal, namun pada produksi steroid produk bernilai lebih mahal sehingga penggunaan substrat dapat dipilih yang lebih dominan agar dihasilkan produk dalam jumlah lebih banyak. Dalam fermentasi konvensional umumnya digunakan bahan baku yang tidak mahal, misalnya limbah biji-bijian, daging, prosesing serat dan sebagainya. Dalam perkembangan produk bioteknologi dibutuhkan medium yang mahal seperti untuk pertumbuhan sel mamalia dan tanaman.

Medium kultur harus mengandung semua elemen yang dibutuhkan untuk pertumbuhan mikrobia, dalam proporsi yang serupa dengan yang ada pada sel mikrobia (Tabel 5.1). Umumnya yang disebut makronutrien adalah yang dibutuhkan dalam jumlah besar seperti C, H, O, N. Mesonutrien dibutuhkan dalam jumlah lebih sedikit seperti Mg, P, S, dan mikronutrien dibutuhkan dalam jumlah sangat sedikit seperti Fe, Cu, Zn, dan Mo.