Bioetanol kini menjadi energy alternative yang dilirk setelah ketersediaan minyak bumi semakin menipis. Bioethanol yang diproduksi juga mulai dipikirkan tentang bahan baku yang digunakan agar tidak mengganggu ketersediaan pangan. Berdasarkan bahan bakunya bioethanol dikelompokkan dalam beberapa generasi. Generasi pertama adalah penggunaan sumber-sumber pangan seperti jagung, gandum, tebu dan sebagainya. Generasi pertama ini menimbulkan perdebatan terkait dengan persediaan pangan dan ketahanan pangan disamping orang masih memandang kecukupan ketersediaan minyak bumi. Generasi kedua adalah mulai digunakannya limbah berlignoselulosa. Keterbatasan generasi ini adalah sulitnya merombak lignoselulosa menjadi gula yang siap difermentasi. Harga enzim yang mahal menjadi kendala. Generasi ketiga adalah menggunakan microalgae. Penggunaan microalgae dianggap tidak berkompetisi dengan pangan. Mikroalgae adalah algae mikroskopik atau mikroorganisme uniselular fotosintetik yang umum ditemukan di lingkungan beraiaran baik laut ataupun air tawar. Keunggulan microalgae dibandingkan dengan tanaman adalah rendahnya kadar lignin pada microalgae. Kandungan karbohidrat pada microalgae bervariasi dari 10 sampai dengan 47 %. Berdasar berat kering.
Tahap yang cukup penting dalam produksi bioethanol dari microalgae adalah “pretreatment” yaitu memecah karbohidrat menjadi gula yang akan dfermentasi menjadi etanol. Metode yang sering digunakan dalam pretreatment adalah secara kimia, enzimatis ataupun mekanis. Cara kimia misalnya hidrolisis dengan asam, basa, ammonia atau CO2. Cara enzimatis umumnya menggunakan enzim amilase dan amiloglukosidase dengan suhu sekitar 70 – 900C. cara mekanis misalnya dengan High pressure, homogenization, ultrasonic, ataupun kombinasi treatment.
Proses fermentasi merupakan proses inti dalam produksi bioethanol. Mikroorganisme yang sering digunakan adalah khamir dari spesies Saccharomyces cerevisiae. Selain itu beberapa khamir yang juga digunakan adalah Brettanomyces custersainus, Pichia stipitis, dan Klebsiella oxytoca. Bakteri juga dapat digunakan untuk produksi bioethanol diantaranya adalah Escherichia coli, Klebsiella oxytoca dan Zymomonas mobilis.
Tahap berikutnya adalah pemurnian etanol dari air sehingga mencapai konsentrasi 99,99%.