Foodomics didefinisikan sebagai disiplin ilmu yang mempelajari domain makanan dan nutrisi menggunakan teknologi omics canggih, seperti genomik, transkriptomik, proteomik, dan metabolomik. Metodologi ini semakin banyak digunakan untuk investigasi kontaminan dan toksisitas makanan; profil senyawa aktif, keaslian, biomarker yang terkait dengan kualitas makanan dan efek pada kesehatan manusia; dan pengembangan pangan fungsional dan pangan transgenik, dll

Di sisi lain, mikroorganisme memiliki efek menguntungkan dan merugikan pada makanan. Misalnya, mikroorganisme saprofit dapat menyebabkan pembusukan makanan, dan mikroorganisme patogen dapat menyebabkan infeksi atau intoksikasi. Sebaliknya, mikroorganisme “baik” sangat penting dalam makanan fermentasi, seperti Saccharomyces cerevisiae, bakteri asam laktat, dan Acetobacterium balch. Istilah mikrobiologi pangan menitikberatkan pada semua aspek mikroorganisme pangan, dan telah diintegrasikan ke dalam ilmu pangan sebagai komponen penting. Kajian mikrobiologi pangan meliputi deteksi mikroba pangan, identifikasi, karakteristik pertumbuhan, kuantisasi, pencegahan dan modifikasi

Aplikasi Foodomics pada Mikrobiologi Pangan

Foodomics muncul sebagai ilmu baru dengan meningkatnya kepedulian masyarakat terhadap keamanan, kualitas dan gizi pangan.

  1. Penilaian keamanan pangan

Keamanan pangan merupakan isu krusial dalam ilmu pangan, yang mempelajari pemanenan, penanganan, dan penyimpanan pangan, dengan tujuan untuk mencegah penyakit bawaan makanan. Karena komponen makanan modern beragam, dan potensi bahan berbahaya dalam makanan mungkin sangat berbeda, metode tradisional tidak memadai untuk mendeteksi semua kontaminan dan hal-hal yang tidak aman dalam makanan. Dalam domain mikrobiologi, patogen bawaan makanan, sebagian besar bakteri dan jamur, dapat mencemari makanan pada semua tahap proses mulai dari produksi makanan hingga konsumsi. Lebih buruk lagi, beberapa mikroba bisa tahan terhadap inaktivasi, dan bertahan dari perlakuan kasar selama pemrosesan makanan.

Metodologi foodomic menawarkan alat yang canggih untuk mengatasi masalah keamanan pangan mikroba. Misalnya, whole-genome sequencing (WGS) yang terkait dengan sifat fleksibel dari teknologi NGS telah menututpi beberapa kekurangan dalam metode saat ini untuk subtipe (seperti pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) dan analisis berulang tandem nomor variabel banyak lokus. (MLVA)), memungkinkan untuk meningkatkan deteksi wabah bakteri bawaan makanan. WGS memberikan peningkatan kekuatan diskriminatif atas PFGE atau MLVA pada berbagai mikroba, termasuk bakteri patogen klonal tinggi (seperti Bacillus anthracis dan Yersinia pestis, subtipe spesifik dalam spesies patogen tertentu (seperti B. anthracis, Escherichia coli, Shigella spp dan Salmonella serovars dan virus dan parasit bawaan makanan.

  1. Regulasi kendali mutu pangan

Pengendalian mutu (QC) pangan mengacu pada pengendalian keaslian, asal usul, sifat, komposisi, dan keamanan yang melibatkan semua tahapan produksi pangan. Terutama, keaslian dan asal makanan fermentasi menentukan kelezatannya, nilai gizi, khasiat obatnya. Selain itu, proses fermentasi memiliki pengaruh yang signifikan terhadap rasa, rasa dan nutrisi makanan fermentasi. Oleh karena itu, QC memainkan peran yang sangat penting dalam makanan fermentasi. Namun, metode QC tradisional dalam analisis makanan seperti deteksi yang ditargetkan tidak cukup mampu memantau dan menilai bahan mentah dan pemrosesan makanan yang difermentasi untuk memastikan kualitas makanan.

Baru-baru ini, foodomics telah memfasilitasi penelitian sistematis tentang QC dalam fermentasi, seperti identifikasi cepat asal mula makanan mikroba, dan pemantauan prosedur fermentasi. Genomik telah menyumbangkan wawasan berharga dalam penentuan gen yang terkait dengan sifat produksi makanan yang difermentasi.

Pustaka: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165993617300432