Tahap pertama dalam penapihan mikroba yang potensial untuk diterapkan dalam industri adalah isolasi. Isolasi meliputi: mendapatkan, memurnikan, identifikasi dan pengujian produksi. Oleh karena itu yang perlu diingat bahwa isolat secara ekonomis menguntungkan dan seleksi kultur adalah perpaduan antara produktivitas mikroba dan ekonomi proses.
Kriteria yang penting untuk memilih mikroba adalah:
1. Karakteristik nutrisi mikroba
Dalam proses dibutuhkan medium yang sangat murah atau telah ditetapkan, misalnya menggunakan metanol sebagai sumber energi. Dalam hal ini dibutuhkan medium isolasi yang sesuai.
2. Suhu optimum mikroba
Menggunakan mikroba yang mempunyai suhu optimum di atas 40oC, sehingga mengurangi biaya pendinginan pada fermentasi skala besar sehingga menggunakan suhu tersebut untuk isolasi merupakan hal yang penting.
3. Aksi mikroba terhadap peralatan yang digunakan.
Dalam beberapa hal isolat dapat dicari dari alam sekitar namun dapat juga dari instansi yang melakukan koleksi kultur. Kultur hasil koleksi mempunyai keuntungan karena telah diketahui karakteristiknya tetapi kemungkinan tidak memiliki sifat utama yang diharapkan. Berbeda halnya dengan isolat dari alam sekitar, isolat ini memiliki sifat yang kita harapkan namun sulit untuk melakukan isolasi sehingga memberikan biaya yang tinggi dan oleh karena itu jarang digunakan.
Sumber isolat umumnya berasal dari tanah, hal ini kemungkinan tanah mengandung berbagai unsur hara yang sangat kompleks sehingga berbagai isolat kemungkinan dapat diisolasi. Tahap berikutnya adalah melakukan seleksi, biasanya menggunakan test yang sederhana atau menggunakan medium spesifik dengan substrat tertentu. Selain itu dapat pula didekati mengunakan kriteria takson yang diketahui memiliki sifat yang unggul dari produk yang diharapkan sehingga prosedur menjadi lebih sederhana. Kelemahan cara terakhir ini membuat kecil kemungkinan untuk memperoleh isolat baru yang mungkin juga memiliki sifat yang diharapkan.
